Die Alishan-Waldbahn wurde ab 1912 von der japanischen Kolonialverwaltung gebaut, um die wertvollen Taiwan-Rotzypressen aus den Bergwäldern ins Tal zu transportieren. Mit ihren engen Spitzkehren, Tunneln und der markanten Zickzack-Strecke am Berg Zhushan gilt sie als eine der bedeutendsten Schmalspurbahnen Asiens und wurde nach dem Ende des großflächigen Holzeinschlags in den 1960er-Jahren zur touristischen Attraktion umgewidmet.
Die im Park erhaltenen Taiwan-Rotzypressen (Chamaecyparis obtusa var. formosana und Chamaecyparis formosensis) zählen zu den ältesten lebenden Organismen Ostasiens; einige der als „Shenmu" (神木, „Götterbaum") bekannten Exemplare werden auf über 2.000, in Einzelfällen sogar 3.000 Jahre geschätzt. Der ursprüngliche, 1906 entdeckte „Alishan-Gottesbaum" fiel 1956 einem Blitzschlag zum Opfer; die heute über Holzstege zugänglichen Baumriesen sind seine noch erhaltenen Nachbarn im Schutzwald.
Die als „Sea of Clouds" bekannte Wetterlage entsteht durch die spezielle Topografie des zentraltaiwanischen Gebirges: Feuchte Luftmassen vom Meer stauen sich an den Berghängen und bilden bei geeigneter Inversionswetterlage — meist in den frühen Morgenstunden — ein dichtes Wolkenmeer unterhalb der Gipfel. Der Sonnenaufgang über diesem Wolkenmeer, beobachtet vom Aussichtspunkt am Ende der historischen Bahnstrecke, zählt zu den meistfotografierten Naturschauspielen Taiwans.